深悉中国传统“天下观”的日本，在明治维新后全面西化。这种身份在清廷面前于是乎就成了巨大的优势：他们了解西方的近代外交理念的同时，又深悉清廷传统“外交观”的种种漏洞，及其与西方近代外交理念的种种冲突之处。如何利用这种优势在清廷身上获利，成了明治政府维新之后工作的重中之重。征韩论与夺取琉球，之所以在明治维新之后甚嚣尘上，便是日本人深知大清在这方面的漏洞。
在清廷，“置之化外，未便穷治”，是“天下观体系”下的政治词汇。日本人并非不知，但现实需要，他们故意将之放置到了近代“世界观体系”下理解，于是就成了：清廷承认台湾东部番地无主。
此次交涉影响范围不大，但也引发了朝廷之外的一些言论。这些言论，又恰恰是日本所需要的。譬如副岛种臣来访半月之后，受北满州影响提前问世的《申报》，便刊载了署名为“岭南莲塘生”的一篇稿件，基本上可以代表当时大多数中下层士大夫们的普遍看法。“岭南莲塘生”说：“盖台湾一带，虽系中华之地，而台湾府属界，居海岛边境。至于生番，则又深居内地；虽统称台湾，实非台湾府属可管也。且生番蛮类，未晓人性，不入王化，非我朝百姓；与中土何碍焉！”
其中的“不入王化”、“非我朝百姓”等言辞，正合日本人之心。但在“岭南莲塘生”的本意，却并不涉及国家疆域问题，所指均属文化层面。两套彼此交叉、互相矛盾的“世界认知体系”及其衍生出来的不同的外交游戏规则，被日本政府轻易地操纵于股掌之间，而清廷举国朝野竟毫无察觉。
有了内外的一致铺垫，日本政府紧急通过了《台湾蕃地处分要略》，并不顾北海道的战火刚刚熄灭，加急组织了侵台军，名曰：“台湾生番探险队”。《要略》的重点便为副岛种臣使团所取得的“外交成果”：“台湾土番部落,为清国政府政权所不及之地。其证据具见清国自来所刊行的书籍之中,而当前任参议副岛种臣使清之际清廷官吏所作答语,尤其显然,故视之为无主之地,具备充分理由。是以报复杀害我藩属琉球人民之罪,为日本帝国之义务,而征番之公理,亦可于此中获得主要根据。”
日本出兵台湾在即，台湾道在给闽浙总督的文件里却将此事的权重放置在“剿办彰化廖匪”一事之后，并称：“牡丹社系属番界，彼如自往剿办，在我势难禁止。”虽然担心日本人胜利后会盘踞番社不走，但给出的处置建议仍是消极的“一切惟以镇静处之”。这自然正是日本人所希望的清廷的反应，台湾