祝永清把十二个幸存者送去了福州，沈葆桢有安排船把他们给送回了琉球，这事到这也就算拉到了。别说是琉球使者，生番连大清官员都杀过，但是那帮人就那样，大家世界观都不一样，哪里有什么道理好讲。生番也从来不出山闹事，每年还能给大清进贡樟脑、兽皮，创造不小的利润，有些事糊弄糊弄也就过去了，可惜琉球的宗主国不只有大清一个。
琉球王国一直是中国的藩属，更是大明的三大亲藩之一，关系比朝鲜还近。但是到了大清这，琉球的关系还是那么好，可是地位就没那么重要了，大清不是很重视这个由一堆岛屿组成的小国。但琉球的地理位置还是很好的，位于附近各国之间的贸易枢纽，号称“万国津梁”。大清无所谓，日本可是很惦记，在日本混的很惨的萨摩藩，早早便盯上了琉球。
明朝万历三十七年，萨摩藩藩主岛津家久派遣桦山久高为总大将，平田增宗为副大将，率兵三千人、船一百余只、铁炮六百挺，自九州山川港出发入侵琉球。不久琉球即战败，首里城被包围，尚宁王被迫投降，同王子、官员等一百余人被萨摩军押送到鹿儿岛。这就是历史上的“庆长琉球之役”。随后尚宁王同岛津家久前往骏府城面见德川家康，又前往江户城面见征夷大将军德川秀忠。万历三十九年，尚宁王在鹿儿岛被迫与萨摩藩签订《掟十五条》，承认萨摩藩对琉球的控制之后，才被释放归国。
萨摩藩入侵琉球后，开始向琉球派遣官员，测量分配田地，划清国界，制定赋税，强迫琉球割让奄美群岛，要挟琉球向萨摩进贡，琉球政府还要被迫授予萨摩所派人员官品职位。琉球国内的亲明派在战后全部被罢免官职，三司官郑迥被萨摩斩首，向里瑞则被萨摩扣作人质，由亲日的毛凤仪、毛凤朝取代其三司官职务。尚宁王之后，尚丰王十一年，琉球在被萨摩所占岛屿建立馆舍，两国同时派官员管理来往贸易和收税。此后琉球国沦为萨摩藩的傀儡政权。萨摩藩向琉球派遣官员长驻琉球以监视琉球的举动，及至尚贞王二十五年，琉球“创定姑米、马齿两岛，遣大和横目职两员，看守贡船往来”。同时，萨摩藩强占琉球北部奄美诸岛。
大清定鼎中原之后，琉球王遣使臣到清朝请求册封。清顺治帝封尚质王为琉球王，但琉球国只是表面上成为清王朝的藩属，但实际上对萨摩藩称臣。琉球与清朝官方继续朝贡贸易，也需被实际宗主萨摩藩剥削一次。萨摩藩也依靠琉球成为了幕府宣布锁国以后，唯一能以此变相方式获得国际贸易收入的私藩。一八五四年，美国人佩里到日本军事讹