败走漠北，失去对此岛的控制。
1412年，明朝征服苦兀，在库页岛北部近海处设立囊哈儿卫，在中部波罗奈
美丽而又悲哀的库页岛
美丽而又悲哀的库页岛
河流域设波罗河卫，东部驽烈河流域设兀烈河卫，隶属于奴尔干都司。
明朝政府为了更有效的管理黑龙江下游地区及库页岛，曾先后10次派太监亦失哈出巡奴儿干地方，并建立了永宁寺。树立《敕修永宁寺碑记》和《重建永宁寺碑记》两块石碑。以记载管理当地之事。
1430年。明宣宗遣都指挥康旺、王肇舟、佟答敕哈等前往奴儿干都司，抚恤军民。
清朝时期
1616年，根据魏源所著《圣武记》记载：“清太祖遣兵四百收濒海散各部，其岛居负险者刳小舟二百往取，库页内附，岁贡貂皮，设姓长、乡长子弟以统之”。清朝建立以后，库页岛归宁古塔副都统管理。1715年之后。归三姓副都统管辖。库页岛上的居民每年到黑龙江下游的普禄乡向清政府进贡貂皮。
1635年，江户幕府松前藩藩主松前公广派家臣村上扫部左卫门巡视库页岛。此后又于1650年、1689年、1700年先后派家臣巡视该岛。
1644年，松前藩提出为日本全国国土绘制地图，是为《正保御国绘图》。本图首次把北海道及库页岛等原本由当地原住民居住的地方划入日本领土。
1679年，松前藩在库页岛的久春古丹建造临时性的渔民居住所，并开始与当地爱努族居民进行贸易。
1689年，清政府与沙皇俄国签定《尼布楚条约》，当中规定：外兴安岭以南为中国领土，中国方面的认知是将库页岛包括在内。库页岛在法理上归属中国，但是由于清朝统治者的极度昏庸。导致库页岛实际上被俄国远征军所控制。
1709年，康熙皇帝派遣三位耶稣会修士测量全国版图。耶稣会士得知有一大岛，翌年第二支由满族人组成的测量队成功地横渡鞑靼海峡到达了库页岛。
1738年至1739年，俄国人什潘别尔克中尉在寻找日本航线期间，从虾夷人那里得到知库页岛的存在。
1742年，俄国人舍利京克勘察了几乎整个库页岛的东海岸，使沙俄认识到库页岛在远东地区的战略价值。
1783年至1787年，法国航海家拉彼鲁兹在黑龙江口和库页岛勘察期间，发现了宗谷海峡。
1785年，江户