足利高氏因立下了倒幕的首功，故而被赐予天皇名字中的“尊”字，易名为“足利尊氏”。
后醍醐天皇回到京都后，进行了第一次的王政复古，推行新政。
首先，不承认光严天皇皇位的合法性，尊之为上皇，剥夺了他所有权力。
同时废除了幕府和摄关制度，建立了天皇独裁政权，由天皇自行任免官职。
这就是历史上的“建武新政”。
由于新政未能满足武士的要求，而且仅仅重用京都的公卿贵族，故引来武士不满。
其中倒幕大将足利尊氏更为不满，他有意开幕府。
而后，足利尊氏迫使后醍醐天皇退位，并立持明院统之光明天皇。
光明天皇策封他为征夷大将军，建立室町幕府，是为北朝之始。
后醍醐天皇被迫退位后设法逃出，持着皇室象征的三神器——天丛云剑、八尺琼勾玉、八咫镜——退往大和的吉野，是为南朝。
至此，南北朝（1336-1392）终于形成。
经过多次攻防后，南朝的势力逐渐衰退。
终于，到了室町幕府的第三代将军足利义满的执政时期，在幕军的强大攻势下，南朝灭亡。
南朝天皇把三神器交给北朝天皇，结束了南北朝时代。
这段持续了数十年的日本分裂期，衍生出来一个极严肃、绝不可等闲对待的问题：南北朝孰为正统？
对于这个问题，日本的学者们一直争论不休。
因为南北朝合一后北朝继承了天皇的皇统，所以在“黑船事件”爆发之前，虽有论争，但“北朝正统论”居优势。
例如：江户时代初期，由林罗山起草、并由林家执笔的江户幕府官方编修史著《本朝通鉴》便以北朝为正统
可是，当水户藩编纂的文言文纪传体日本史《大日本史》面世时，使“南朝正统论”逐渐有了影响力。
《大日本史》一直坚持“南朝正统论”。
水户藩编写《大日本史》的主要目的，是以儒家的道德标准来评论人臣的是非功过。
按照儒家的道德标准，流放皇帝、扶持伪帝的足利尊氏，完全是十恶不赦的叛国逆贼。
除此之外，《大日本史》坚持“南朝正统论”的另一理由是以象征天皇权威的三种神器的所归为基准。
在南北朝对立时，三神器俱在南朝手中，故理应奉南朝为正朔。
“黑船事件”爆发