整个吕宋岛，最繁华的马尼拉城，因为王策一道命令而十室九空。
玳瑁城的火枪兵调来1500人，马尼拉就有2500火枪兵，再有商人武装1000多人，将近4000的兵力足够统治城市。
先是审问土著俘虏士兵，杀死士兵及家属近三万人，城内平民纷纷选择躲在家里。接着又对阿拉伯商人下手，因为这次对汉人的屠杀，背后就是阿拉伯商人在挑唆，否则吕宋国王怎敢动手？
按照后世菲律宾的行政区划，此时最强大的当属苏禄苏丹国。
此国由阿拉伯商人赛依德·艾布伯克尔建立，占据棉兰老岛、巴拉望岛和苏禄海周边所有小岛。在苏禄苏丹国的影响下，整个菲律宾群岛都迅速绿化，并且不断进攻异教势力。
苏禄国强大到什么程度？
历史上，葡萄牙经营东南亚数十年，被苏禄国挡住继续东扩的步伐。西班牙虽然灭了吕宋国及诸岛，却依旧没法将苏禄国给吃掉。清末，美国人将西班牙赶走，多次征讨同样无法占领苏禄国，最后美国选择跟苏禄国谈判，允许苏禄国民自治，但名义上属于美国殖民地。一战都结束了，美国经营菲律宾21年，还得继续往这些岛屿武装移民。
这个时空，大明水师以新加坡、马来西亚为中心，朝周边地区不断进行武装殖民。势力范围大到一定程度，殖民统治成本飞快上升，需要耗费大量精力镇压土著起义。
如此情况之下，已经没有余力攻打苏禄国，而苏禄国却暗中支持周边势力，隔三差五给大明水师找麻烦——主要原因，是大明水师卡死了向西的香料航道，苏禄国又以香料为主要贸易产品，双方的商业矛盾已经激化到战争程度。
包括这次吕宋屠杀汉民，同样有苏禄国的影子。
王策杀光马尼拉的阿拉伯商人，抢来的各种财货价值，竟超过三十万两白银。
终于，最后开始对土著平民动手。
首先让幸存的汉民，指认参与攻击他们的土著，抓来这些土著再继续审问。在严刑拷打之下，一个供出几个，一家供出几家，审案直接变成几何倍数学问题。
如此执法半个月，徐惟学前来报告：“公子，土著平民暴动，已经被镇压了！”
王策问道：“这些天杀了多少人？”
徐惟学说：“从王室到士兵及家属，再到阿拉伯商人和平民，已杀了将近六万，还有两万多年轻女子被集中看押。这次镇压暴动，又杀了数千，城中异族平民只剩两三万了。”