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三公九卿，首先三公。丞相、御史大夫、太尉。被扶苏强化了御史台，分拆了权柄极重的丞相，但一直以来大秦虚设的太尉之职，扶苏又当如何做出决断？
扶苏直接让监国府兼并了太尉的职能。不错，扶苏自己主抓军权。一点都不放松，便是天下名将，扶苏最重要的支持者蒙恬，扶苏也未有过多地让其参与到中枢军权的掌握之中。蒙恬是带兵的统帅，却不会成为抓全**权的天下兵马大元帅。
扶苏监国府行使太尉职能，当然不会太过自己冲上前去。而是另外设立了一个部门，名为枢密院，又称太尉府。其中，扶苏亲领其事。反正扶苏现在还只是监国，并不是皇帝，故而，亲自兼职并不为过。
又因为这枢密院实际上只是太尉府换了个名字，所以不少人还喜欢称之为太尉府。
太尉府从一个人的职位变成一个官署，扶苏自然不会孤身奋战。而是将四大营的主官、期泽、庆倪、羊牟李左车；北疆长城军团各个主要将领王离、苏角；京师卫戍军的章邯，岭南军团的主官任嚣、赵佗一个个都拉入了枢密院。
其中，枢密院被扶苏划分为四个主要部门。参谋部门主管部队调动，作为枢密院的核心部分；后勤部门主管后勤补给，一击军资军械的制造，军法部门则负责部队纪律，对违纪违法军官军士进行惩处，也拥有宪兵部队；以及人事部门，其主管军队人员调动，管理文书档案。
至于军制，则实行战时和平时两套体制。战时设上将军，以及前后左右四将军。将军其下，各领其部，以部曲体制为基础。一部设立一校尉，一曲设立一军侯。一军侯约莫一千五百人，一部则为六千人。根据战时需要，再设置上将军所统领的兵力多寡。
实际上战时体制扶苏并未动多少，基本上和秦朝以前的并未有变化。扶苏所了解的，秦汉基本上没多大差别。至于平时体制，则有了变化。
和平时期，军队有枢密院执掌。尽管依旧有部曲体制，但军队之中领军之人最高为校尉职。各军部曲回归防区，以枢密院派员统领各部曲事物。
当然，也有枢密院管不到的军队。比如扶苏身边的亲卫四营，已经成熟战力彪悍的青龙营，以及在建依旧在训练的朱雀营。一共四营一万两千人的军队将是扶苏守卫宫城的军队，其后，还会有行在戍卫军，这些而今扶苏身在枢密院，