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圣卡塔琳娜州人口约七万，战争爆发后，一部分当地白人居民因为恐惧华人独立军，选择离开圣卡塔琳娜州，前往后方巴拉那州，交战近一个月，留在当地的巴西人不到四万人，其他人口不是离开便是进了华人独立军的战俘营地。
相比较占领南里奥格兰州，进军圣卡塔琳娜州华人独立军损失更大一些，至沿伊瓜苏以北推进的部队遇到巴西驻军，华人独立军总伤亡人数达到2600人，其中进攻当地巴西军队伤亡两千人，其余600人则是在小规模冲突中被当地巴西人袭击伤亡的士兵人数。
华人独立军在南里奥格兰州强制驱逐当地居民的做法引起圣卡塔琳娜州巴西人的恐慌和愤怒，为了保护自己的土地和财产，大量巴西青壮组成小股武装袭击华人独立军分散部队，迫使华人独立军不得不派出大量部队维持占领区治安。
送别刘朴等参加谈判的一队人，李明远把精力投入了到清理当地反叛势力的围剿行动中。
经历过围剿南里奥格兰州游击势力的经验，面对圣卡塔琳娜州的抵抗份子，李明远有了明确的目标性和针对性。
首先抵抗势力的领导者主要是当地的大地主阶级，华人独立军开进圣卡塔琳娜州，利益受损最为严重的就是他们，而参与战斗的则是底层白人和无地印第安人，他们受到当地大地主的雇佣和华人独立军对抗。
对于敢于反抗的当地地主，没什么好说的消灭他们，把他们的土地财产全部剥夺，至于没油水的底层巴西人，李明远已经想好对付他们的方法，拉一批打一批，
主动举报揭发叛乱武装的赦免他们对他们的处罚并且奖励土地财富，而那些选择和华人独立军对抗到底的巴西人则彻底消灭，震慑占领区的普通居民。
一手大棒一手萝卜，在先后消灭几股势力较大的反叛势力之后，李明远停止恶意驱逐当地居民的政策，然后向留下来的巴西人保证，检举揭发身边的叛乱份子，你们的土地财富不仅可以保全，还能够得到华人独立军的奖励。
新的政策修改过后，当地居民虽然没有大规模举报叛乱份子，不过圣卡塔琳娜州的治安环境却改善许多，当地居民的土地财富得到保证，又活生生看到一批批叛乱份子被执行枪决定，大部分人不敢冒着生命危险帮助叛乱份子，而随着时间的推移，失去当地居民支持的叛乱份子日子越来越难过，一个个叛乱势力被紧密围剿的部分包围剿灭，一些心怀二意的叛乱份子主动向华人独立军投诚