华人士兵侵袭骚扰当地居民不是偶然事件，在李明远的严厉命令下，相继发现五六起华人士兵违反军纪事件。
随着调查的深入，发现吸食鸦片的华人士兵有一千多人，而违反军纪的士兵几乎全部有吸食鸦片和其他的恶劣行为。
一支强大军队的塑造需要花费几年时间，而混入部队中的害虫则很容易侵蚀军队的战斗力，毁掉一支部队。
千里之堤，毁于蚁穴，对于违反军纪的士兵，李明远没有心慈手软，指示刘朴按照军法审理，该杀头的杀头，该惩罚的惩罚。
三天之内，被查出的一千三百名华人士兵有二百人被判处死刑。其他人等分别被判处不同年限的劳动改造。
审判决定出来后，很多部队里的军官找到刘朴求情，请求对这些士兵从轻发落。可是却被刘朴一句“审判决议已经交由世子过目”打发走。
李明远治军严厉，而且刘朴的审判是以军法为依据。如果他们敢向李明远求情，肯定没有好果子吃，因此，求情的军官一个个偃旗息鼓，回去提醒手下士兵严格遵守军纪，不要落在刘朴手里。
一次判处两百多士兵死刑确实有些严厉，可是为了整顿部队风气，杀鸡儆猴，李明远不得不这样做。
不加甄别地强迫华工加入军队，在华工面临生死存亡的时候是不得已的选择。
歼灭秘鲁南部主力军队，和秘鲁总统佩德罗达成交易后，李明远已经认识到，
一支充斥着不同人等的部队存在的缺点，那就是在部队胜利的时候，整支队伍可以凝聚为一个整体，
可是一旦遇到强大的敌人，队伍很可能因为人心纷杂而分崩离析。
为了解决部队存在的问题，一个月前，李明远把部队重新编组，整编后的野战军作为华人独立军的核心力量，战斗力稍逊一筹的士兵则划归警备军指挥。
令李明远欣慰的是，这次被抓获的士兵绝大部分是警备军和后勤部队的士兵，野战军只有五六个士兵因为喝酒耽搁了训练被罚，这起码证明了前段时间的部队整编是成功的，编组起来的野战军士兵军纪比警备军强的多。
华人独立军现行的军法沿袭太平军军法，对于很多士兵违反军纪的问题界定不清，所以遇到不好判决的士兵违法问题，刘朴还要亲自向李明远请教。
“刘朴，现在的军法漏洞和不合理的地方不少。你看这一条：士兵顶撞上官，当众鞭刑十次。”处理完士兵违法问题，李明远向刘朴指出一处军法的不合理处。