子少保”荣誉头衔。他似乎意犹未尽，又给远在千里之外的督师辅臣杨嗣昌发去亲笔手谕，赏赐给他内库银一万两、斗牛服一袭、鞍马二份，还特别抒发了离别之后对他的思念之情：
卿自昨年九月初六日辞朝至今，半载有余矣！无日不悬朕念，与行间将士劳苦倍尝，而须发尽白，深轸朕怀。又闻卿调度周密，赏罚严明，深慰朕平寇安民之意。
字里行间流露出对杨嗣昌的特殊感情，连“须发尽白”这类细节，也挂念在心。令杨嗣昌感动不已，如不拼死在疆场，将无以为报了。
杨嗣昌无论如何没有料到，玛瑙山大捷之后，他再也没有打过像样的胜仗。原因当然很复杂，其中重要的一条就是，他这位“督师辅臣”竟然成为矛盾的焦点，与下属以及封疆大吏的关系没有协调好。最为失策的是，与英勇善战的左良玉关系搞僵。
张献忠在玛瑙山落荒而逃时，左良玉在后面紧追不舍，情急之际，张献忠心生一计，派亲信马元利带了礼物去游说左良玉，劝他不必苦苦相逼，离间他和杨嗣昌的关系。对他说：杨阁部之所以看重你，是因为有张献忠存在，你为什么不好好想一想，你一向听任部下肆意抢掠，杨阁部对你有所猜疑，如果张献忠不存在了，那么你的死期也不远了。这些话说得有理有据、合情合理，左良玉听得心动，就网开一面，故意放张献忠率领残部逃去，使得他有时间在山中招集溃散士兵，重整旗鼓。左良玉在竹山一带作壁上观，按兵不动，向杨嗣昌佯称有病，不便行军。
左良玉在竹山托病，还有另外一个原因，那就是杨阁部对他将信将疑，令他失望。杨嗣昌原先积极向皇帝保荐左良玉为“平贼将军”，后来看到左良玉飞扬跋扈，难以控制，而陕西将领贺人龙也是骁勇善战的帅才，于是向兵部尚书陈新甲提议，用贺人龙代替左良玉为“平贼将军”。很快，得到了皇帝的批准，杨嗣昌却反悔了，他唯恐此举引起左良玉反感，何况贺人龙的兵力与战绩都无法与左良玉相比，很难取而代之。于是向皇帝请求收回成命，仍用左良玉为“平贼将军”。如此优柔寡断，出尔反尔，结果两面不讨好，失去了左、贺两员大帅的信赖。,
左良玉因为“平贼将军”印被夺，感到惭愧；贺人龙因为“平贼将军”印得而复失，感到不满、怨恨。此后，两人互相推诿，不再深入前线，以致张献忠得以重整旗鼓，都是杨嗣昌失去二帅之心导致的结果。
杨嗣昌明知左良玉托病，却不得不写信去慰问，对他的消极态度表示理解。他在信中说：张献忠