随后，姚启圣走马上任，也确实立即对朝廷的官吏任命，做出了相应的整改。官员考核的制度，也在几天之内就发给了各部衙门。一时间，整个南京城里的官场，几乎是地震般的改动和忙碌。各部之间也顿时没有之前的懒散之风，朝廷的效率也明显的有所提高。
朱由栋见了顿时大喜，对姚启圣的能力，也十分赞赏。见姚启圣整顿朝廷的事情，已经立竿见影，顿时也就放心了。这时大明发出的公文，也传遍了天下。听说复明军也开始要开科举了，不管各地士子信不信。顿时各地有功名的读书人，都纷纷赶往南京。
但是由于天下大战，各地的读书人情况都不很理想。所以反响是很大，但是实际赶往南京的人，却很少。而且大明又明确的规定了，已经取得满清功名的人，必须要重新在大明考取。这样一来，顿时刷下去了不少的士子。这事姚启圣也反对过，但是朱由栋没有答应。
然后湖南终于传来捷报，宋高举和李来亨配合。在长沙围城半个月后，终于攻破了长沙。年仅十六岁的康郡王杰书，在正红旗梅勒额真吴国炳和代善之后，承袭顺承郡王的勒尔锦一起，仅带了百余骑逃往江西袁州府去了。
而湖广提督董学礼，汉军旗固山额真祖泽润，长沙巡按王廷谏或是自杀，或是被杀，具死于长沙城内。长沙巡抚卢森，副将黄正卿想复明军投降。李来亨任命卢森依然留任长沙巡抚。
宋高举的军队，由于长时间作战，已经疲惫不堪。只好留守长沙，防止江西清军反扑。而在长沙城被占领的第三天，李来亨就带着降军两万，八千复明军南下。
一路破湘潭，湘乡，逼近衡州。衡州知府李光座和通判吕之绎见复明军军势大，直接献城投降。李来亨已经率领大军进入衡州城了，正在衡州城里休整。
得到这个消息后，朱由栋顿时大喜，如此一来，湖南就算是被彻底光复了，虽然还有郴州和部分永州府的州县没有光复，但已经无碍大局了。
于是朱由栋让吏部任命原剑州知府为湖南巡抚，将之前除了已经化分为湖北省的州府，组建湖南省。远湖南巡抚卢森，则任命为湖南布政使。调宋高举军中的邓时干，任命为湖南指挥使，投降的黄正卿为长沙总兵。
对于这些人命，现在没有其他人员的情况下，姚启圣也并没有提出异议，直接就按朱由栋的意思照办了。然后朱由栋又让来到南京的大都督府的众人，给荆国公王光兴传令。不求能独立攻打桂林，先等塔天保和李廷明他们从柳州的战况出来后，在做进