此外在生态方面，如果转基因作物的相关基因向亲缘野生种转移，就会污染到整个种子资源基因库，从而改变区域性植物基因，甚至是全球性植物基因，这将会对生态环境造成巨大危害。
并且，人类也是自然生态系统中的一部分，人们担心，这些转基因植物很可能还会危及到部分已植物喂食的动物基因，最终影响人类基因。
比如普斯泰事件，1998年秋，苏格兰Rowett研究所的普斯泰在电视台发表讲话，声称他用转雪花莲凝集素基因的马铃薯喂大鼠，大鼠食用后“体重和器官重量严重减轻，免疫系统受到破坏”。
加麻大的转基因油菜超级杂草事件，1995年，加麻大首次商业化种植了通过基因工程改造的转基因油菜。
但在种植后的几年里，人们在油菜地里发现了个别油菜植株可以抗1~3种除草剂，进而有人称此为“超级杂草”。后来经过调查，产生这种油菜植株的原因，是由于农民在收获转基因油菜种子时部分遗落到田间，第二年再种新的油菜品种时，原来的种子发芽成熟后与新的品种之间发生基因漂移所致。
1999年应该的权威科学杂志《自然》刊登了米国康乃尔大学教授约翰·罗西的一篇论文，指出蝴蝶幼虫等田间益虫吃了撒有某种转基因玉米花粉的菜叶后会发育不良，死亡率特别高。
还有好些类似的事件，虽说有些事件后被正式是误传，但并没有减轻人们对于转基因技术和转基因农作物的忧虑，反而加重了不信任感。
人们认为，既然这些转基因植物能够影响其它农作物，甚至影响动物，那么人类在接触和使用这些转基因植物又或者是被转基因动植物所污染的植物和畜禽，很可能人类的基因也会被污染，从而产生一些疾病，对人体造成伤害。
另外基因技术采用耐抗菌素基因来标识转基因化的农作物，在基因食物进入人体后可能会影响抗生素对人体的药效，作物中的突变基因可能会导致新的疾病。
转基因技术中的蛋白质转移可能会引起人体对原本不过敏的食物产生过敏，分割重组后的新的蛋白质性状是否完全符合我们设想的需求有待研究论证其的安全性。
还有基因的人工提炼和添加，有可能增加和积聚食物中原有的微量毒素，以及不可预见的生物突变，会使得原来的毒素水平提高，或产生新的毒素。
甚至对于生态系统而言，转基因食品是对特定物种进行干预，人为使之在生存环境中获得竞争优势，这必将使