军政分离乃是大势所趋，所有的先进制度，最终都会走到这一条道路上来。
然而在历史上“军与政”的关系一直混淆不辨、夹杂不清，几千年来从未间断过调整探索。
在秦代以前，实现分封制，这亦是“封建”之本义，诸侯独掌一国军政，“王”作为共主反而没有多少实权，导致诸侯越来越强盛，“王”却越来越孱弱，干弱枝强，最终诺大帝国分崩离析……
为何称秦始皇为“千古一帝”？
正是因为他真正意义上的统一华夏大地，开创了前所未有的“中央集权”！
秦代为了加强地方统治，实行郡县制，改地方的军政合一为郡守掌行政、郡尉掌军事、郡监御史掌监察。并有相应的细节作为这一制度的补充，极大地增强了中央政府的权威。但是，这一制度矫枉过正，削弱了地方的统治基础。
实则以现代眼光看秦代制度，其实并不落后，但受当时的经济、通讯、交通等等条件制约，中央对地方的管理无法做到如臂使指，自然统治体系运转不灵，整个国家看似统一，其实中枢对于地方的控制并不强。
所以到了汉代，又在一定程度上恢复了分封制，只是诸侯王的权力受到制约。
魏晋则以宗王为都督，往往军政合一。
隋唐则以州县管民事和军垦，兵府诸卫管军事，但是实际上军政之间往往纠缠不清，那些世家门阀出身的宰相们吹嘘的所谓的“入则为相，出则为将，自无文武分途之事”，使得军政合一之理念深入人心，导致地方势力急剧膨胀。及至安史之乱爆发，为了平叛给地方放权扩军，使得地方藩镇彻底军政统揽，尾大不掉，此正是是亡国之根源。
曾经兴盛至极、繁花锦绣之煌煌大唐，终至崩塌倾颓、烟消云散，令多少汉家儿郎扼腕长叹，痛心疾首……
到了宋代，赵匡胤吸取前代教训，重用文官，以文治武，兵权分立。此举虽然彻底消除了地方拥兵自立的危险，但以不懂兵事之文官领导军队，却大大削弱了军队的战斗力。
元代的特点是实行行省制，行省实际上起到了中央派出机构的作用，行省管理地方，地方军政分离，中央选派地方官。
明朝设置三司分管行政、军事、监察职权，设督抚以加强统治。
其实在房俊看来，明朝才算是一定程度上的实现了“军政分离”，内阁制度的完善，皇权的制约，兵部权力前所未有的增强，所有的一切都构筑了一个几乎完美的帝国构架。